分子动力学模拟与数据分析服务

服务简介

天鹭飞扬提供分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟与轨迹数据分析技术服务：构建分子体系、运行模拟、提取轨迹中的结构与热力学信息，形成可交付的分析报告。

典型科学问题包括：

• 分子之间如何相互作用、是否形成稳定复合结构？
• 气-液、液-液、固-液界面上分子如何排列、吸附与自组装？
• 温度、pH、配比等变量如何影响结构与界面性质？
• 下一批实验应优先验证哪些配方或工艺条件？

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适用方向

领域	典型研究问题	分析侧重
胶体与界面化学	表面活性剂复配、气-液/油-水界面、润湿与降张	界面构型、数密度、表面张力、SASA、氢键
化学化工与配方	组分相互作用、微观结构、发泡/稳定性	RDF、自组装轨迹、描述符
矿物加工与浮选	捕收剂界面活性、药剂复配、固-液吸附	离子对缔合、界面分布、吸附能、配比对比
高分子与复合材料	链构象、玻璃化转变、界面结合	RMSD/RMSF、密度分布、扩散系数
新能源材料	电解质溶剂化、离子输运、电极-电解质界面	MSD、配位统计、输运描述符
生物医药	蛋白-配体结合、膜蛋白/脂质体、构象稳定性	结合位点、氢键/疏水接触、MM-PBSA（按需）

有具体体系但不确定是否适合 MD，可发来分子结构与研究目标，先做可行性评估。

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服务能力

体系构建与模拟

环节	内容
分子建模	结构构建/优化、质子化状态、力场与电荷参数校核
体系组装	溶剂化、离子强度、pH 相关物种、界面/晶体/膜模型
平衡与生产	能量最小化 → NVT/NPT 预平衡 → 生产段 MD；参数全记录
增强采样（可选）	伞形采样、副本交换、Metadynamics 等

常用引擎：GROMACS、AMBER 等，按体系类型选型。

轨迹分析

按科学问题选配分析模块：

类别	分析项	典型输出
结构稳定性	RMSD / RMSF、聚类	平衡判据、柔性区域
相互作用	RDF、接触对、氢键	离子对/配位/关键原子对
界面与组装	1D/2D 数密度、构型快照	头基-尾链分布、界面均匀性
热力学性质	表面张力 γ、密度、SASA	界面活性、暴露面积
动力学	MSD、扩散系数	分子/离子迁移
结合与能量（可选）	MM-PBSA/GBSA、PCA	结合稳定性、构象降维

解读与报告

• 中文技术分析报告（方法、结果、机制归纳、局限性）
• 图表集（内部汇报、论文附图、专利附图）
• 原始数据包（拓扑/输入文件、轨迹与分析脚本，按保密协议约定）
• 线上解读（可选）

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服务流程

flowchart LR
  A[需求沟通] --> B[方案确认]
  B --> C[建模与试算]
  C --> D[MD 模拟]
  D --> E[轨迹分析]
  E --> F[报告交付]

1. 需求沟通：研究对象、科学问题、是否与实验对照
2. 方案确认：体系数、模拟时长、分析清单、周期与报价
3. 计算执行：建模 → 平衡 → 生产段 → 分析
4. 交付答疑：报告 + 数据

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交付物

• 模拟方案书（假设、体系表、力场与参数、平衡判据）
• 计算输入文件包
• 分析图表集
• 中文技术报告
• 线上解读会议（60 min，可选）

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服务边界

• 不替代湿实验验证与现场工艺指标保证
• 结论限于所选力场与模拟尺度的适用范围
• 超大体系、毫秒级慢过程、需量子精度机理的课题，采用 QM/MM 或粗粒化等多尺度方案单独立项

具体边界在方案阶段书面确认。

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咨询

• 电话：13225921134
• 邮箱：507109223@qq.com
• 官网：https://www.xmtlfy.com

请提供：分子结构（SDF/MOL/PDB 或化学式）、研究问题、已知实验条件（温度、pH、浓度等）、期望交付形式与时间节点。